Сабина, лучше привести пример, чем объяснять разницу между функциями амигдалы и гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой оси 
Представьте, что с первых минут пробуждения Вы ощущаете нервозность. Вы не знаете, что плохого может произойти в скором времени, но Вы чувствуете, что краски сгущаются, поэтому непременно произойдёт нечто ужасное. И Вы весь день ждёте прихода этого события. Вот это чувство и есть тревога. Вы боитесь, но объекта страха перед Вами нет.
Теперь представьте, что Вы в компании близки и друзей, Вам легко и радостно, только что Вам рассказали шикарный анекдот, Вы трясётесь от смеха, пытаетесь не пролить сок. Но тут Ваш взгляд падает на стол, Вы видите огромного паука, который стремительно бежит в вашу сторону. Вам сейчас страшно, но представьте, что в такой ситуации ощутил бы человек, страдающий арахнофобией Вот это и есть страх. Фобия — патологический страх.