При этом суммарное количество атомов углерода в введённых заместителях не превышает количество атомов углерода в эфедроне.
вот на счет этого момента весьма спорно, к чему относиться эта фраза, к слову заместители или к производным веществам.
очевидно, что химик прочитал её так же как вы.
но,
во-первых, там все написано одним предложением, содержащим перечисления качеств "производных веществ":
Производные [...] веществ являются веществами:
1. синтетического или естественного происхождения,
2. >>>которые<<<< не включены самостоятельными позициями в государственный реестр лекарственных средств или в настоящий перечень,
3. химическая структура >>>которых<<< образована заменой (формальным замещением) одного или нескольких атомов водорода, галогенов и (или) гидроксильных групп в химической структуре соответствующего наркотического средства или психотропного вещества на иные одновалентные и (или) двухвалентные атомы или заместители (за исключением гидроксильной и карбоксильной групп),
4. суммарное количество атомов углерода >>>в которых<<< не должно превышать количество атомов углерода в исходной химической структуре соответствующего наркотического средства или психотропного вещества.
при этом к слову "заместители" дано уточнение в скобках после него: "(за исключением гидроксильной и карбоксильной групп)". если бы последний пункт про атомы углерода относился к "заместителям", логично что он бы был в тех же скобках, что и гидроксильные группы, либо они были бы не в скобках
во-вторых, если мы считаем, что уточнение относиться к тому слову, после которого стоит, по примеру: "я сегодня встретил парня, с которым учился, и парня, с которыми были соседями, и девушку, с которой ходил в ясли", то возникает вопрос к уточнению #3 "химическая структура которых образована заменой...". оно стоит после слов реестр и перечень, и по падежам и числу с ними согласуется: "...в государственный реестр лекарственных средств или в настоящий перечень, химическая структура которых образована заменой...". но по смыслу мы понимаем, что это бред, и это уточнение относиться к "производным веществам". а если в этом примере логика "отношения уточнения по расположению" не работает, то почему мы должны считать, что и в случае с атомами углерода, они относятся к "заместителям", а не "производным веществам", т.к. и по смыслу, и по согласованию падежей, оно подходит и туда, и туда.
как-то так)
p.s. оригинал формулировки, кому интересно:
Производные наркотических средств и психотропных веществ являются веществами синтетического или естественного происхождения, которые не включены самостоятельными позициями в государственный реестр лекарственных средств или в настоящий перечень, химическая структура которых образована заменой (формальным замещением) одного или нескольких атомов водорода, галогенов и (или) гидроксильных групп в химической структуре соответствующего наркотического средства или психотропного вещества на иные одновалентные и (или) двухвалентные атомы или заместители (за исключением гидроксильной и карбоксильной групп), суммарное количество атомов углерода в которых не должно превышать количество атомов углерода в исходной химической структуре соответствующего наркотического средства или психотропного вещества.
то есть как минимум это из разряда "казнить нельзя помиловать", когда возможны совершенно разные трактовки.